Luật Quản lý thuế 2025 chính thức có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2026. Một trong những nội dung đáng chú ý của luật này là quy định 09 trường hợp doanh nghiệp có thể bị cơ quan thuế tiến hành kiểm tra nhằm bảo đảm việc tuân thủ pháp luật về thuế và nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước trong lĩnh vực thuế.
Việc kiểm tra thuế được thực hiện trên cơ sở phân tích, đánh giá rủi ro, cũng như căn cứ vào dấu hiệu vi phạm hoặc yêu cầu quản lý của cơ quan có thẩm quyền. Theo đó, doanh nghiệp có thể thuộc diện kiểm tra thuế trong các trường hợp sau:
(1) Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế;
(2) Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế;
(3) Trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế;
(5) Trường hợp theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền;
(6) Người nộp thuế có rủi ro cao thuộc trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh;
(7) Trường hợp cơ quan quản lý thuế ban hành quyết định ấn định thuế, xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế hoặc chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế;
(8) Trường hợp kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế;
(9) Trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao;
Ngoài ra, cơ quan hải quan có quyền kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế trong các trường hợp nêu trên; kiểm tra sau thông quan thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan; kiểm tra các điều kiện áp dụng chính sách thuế theo quy định của pháp luật có liên quan.
Trong quá trình kiểm tra, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thực tế đối với hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu trong trường hợp cần thiết và còn đủ điều kiện;
Doanh nghiệp cần thường xuyên rà soát việc kê khai, nộp thuế và lưu trữ hồ sơ, chứng từ đầy đủ, chính xác nhằm hạn chế các rủi ro pháp lý phát sinh trong quá trình hoạt động. Đồng thời, việc nắm bắt kịp thời các quy định mới của Luật Quản lý thuế 2025 sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong công tác quản trị và tuân thủ nghĩa vụ thuế theo quy định của pháp luật.